Si hay una tradición única del Carnaval de Malagón son sus Banderas de Ánimas. El domingo, lunes y martes de Carnaval, acompañados por el sonido de los tambores, un desfile de abanderados, vestidos con ropas negras, recorre las calles de Malagón portando las Banderas de las Ánimas. Estas Banderas están elaboradas con delicadas telas de colores oscuros, bordadas en oro y sedas de colores con motivos religiosos, que se rematan en su parte superior con un ramo de flores y un penacho de cintas de raso que ondean al viento. El significado de estas Banderas no se conoce con claridad, pero la opinión más aceptada es que se trata de un recordatorio que se hace a los habitantes de Malagón para que recuerden lo efímero de la vida y a sus difuntos en medio de las diversiones profanas. Por las mañanas de estos días de Carnaval, las Banderas acuden a la iglesia parroquial de Santa María Magdalena para celebrar la Función de Ánimas y por la tarde, en el mismo Templo, la Ofrenda y la Procesión con el Santísimo Sacramento. En ocasiones acompañan en este desfile a las Banderas unos curiosos bastones, que se denominan “Jinetas”.
