Algunos testimonios arqueológicos, como los encontrados en El Sotillo, nos indican la presencia de asentamientos durante el Paleolítico inferior.
Durante el Paleolítico medio prolifera el número de asentamientos, que se distribuyen entorno a los ríos Becea y Bañuelos y en las orillas de la Nava Grande. Del Paleolítico superior existen hallazgos de piedras talladas sobre sílex, que ponen de manifiesto la existencia de una población de Homo Sapiens en la zona.
En la época Neolítica el asentamiento se realiza al aire libre, dada la ausencia de cuevas en la zona, y también en las orillas de los ríos y navas.
En la Edad de Bronce se existen múltiples núcleos de población repartidos por la zona, todos ellos en altura, como es el caso del El Fraile y la Monja o El Castillejo. Son poblados pequeños, en altura, de carácter defensivo, como indica la presencia de líneas de murallas. Su situación estratégica hace que desde ellos se tenga un amplio control visual de la zona. De todos estos asentamientos, el más significativo es el conocido como “Plaza de los Moros”, que se sitúa sobre una sierra, a unos 1000 metros de altitud. Hay indicios de que el poblamiento en este lugar continuó hasta la época medieval.
De época íbera se han encontrado restos cerámicos en el entorno del lugar que ocupó el desaparecido Castillo de Malagón. Es muy probable que dicho castillo se construyera sobre una motilla íbera.
Los romanos también dejaron su huella en esta comarca, como el caso de una lápida funeraria romana, encontrada en el centro de la población. Las Relaciones Topográficas de Felipe II recogen la existencia de un yacimiento en la solana de la Sierra de Malagón, del que se conservan restos importantes. De la misma época romana se conserva en el patio del Santuario de El Cristo del Espíritu Santo un ara votiva, dedicada a Marte, con inscripción y dibujos, además de un tambor de columna.
La presencia visigoda en la zona está bien constatada por el hallazgo de una necrópolis en la aldea de El Cristo. Junto a las 76 sepulturas aparecieron también los restos de una Basílica y otras edificaciones, haciendo de este yacimiento el más importante de la época visigoda en la provincia. También en el casco urbano de Malagón, en una excavación realizada junto a la calle Tercia, aparecieron 9 sepulturas, que presentaban vasijas cerámicas y adornos personales.
La llegada de los árabes consolidó la población entorno al Camino Real de la Plata, que comunicaba las ciudades de Córdoba y Toledo. Para asegurar la población y defender el camino, construyeron un castillo sobre un promontorio artificial, aprovechando la antigua motilla íbera. Cerca de Calatrava La Vieja, Malagón se vio influenciado por este importante centro árabe, aumentado su importancia y su población. De época musulmana es la primera reseña escrita del nombre de Malagón.
A principios del siglo XII, la reconquista cristiana comienza su asedio por esta comarca. En el año 1100, Enrique de Borgoña, yerno de Alfonso VI es sorprendido con su ejército por los árabes a los pies del Castillo de Malagón. El de Borgoña logró huir, y así pudo salvar su vida.
El Castillo de Malagón es tomado definitivamente por las tropas cristianas el 23 de junio de 1212. Diego Lope de Haro, al mando de una expedición cristiana, en la que participaron cruzados franceses, reunida por el Arzobispo Ximenez de Rada en Toledo, logra conquistar definitivamente Malagón. Los cruzados franceses protagonizaron una de las más sangrientas historias del Castillo de Malagón: una vez conquistada la plaza y ante la no rendición de los moradores del Castillo, pasaron a cuchillo a todos sus habitantes.
El declive de Calatrava la Vieja, tras la batalla de Las Navas de Tolosa, que hace que la Orden Militar se traslade a Calatrava La Nueva en 1217, convierte a Malagón en el cruce de los caminos reales que, procedentes de Granada y Córdoba, se dirigían a Toledo. Así, Malagón pasa a ser Encomienda, con núcleo entorno a su Castillo. Alfonso VIII, dona la mitad del Castillo a la Orden de Calatrava, que adquirió, posteriormente, la mitad restante.
Por su Castillo pasaron, coincidiendo con la reconquista de la zona, los reyes Alfonso VII y Alfonso VIII, además de Juan II de Castilla y Fernando III, el Santo. El 22 de diciembre de 1526 comió en Malagón el Emperador Carlos I.
En el año 1547, la Encomienda de Malagón es segregada de la Orden de Calatrava, pasando a territorio real. El príncipe Felipe, en nombre del Emperador Carlos I, la vende al Mariscal de Castilla, Don Antonio Ares Pardo el 14 de enero de1548, pasando la Encomienda, con todos sus términos, a ser Señorío. Así pues, los I Señores de Malagón fueron Antonio Ares Pardo y Luisa de la Cerda.
Esta venta por parte del rey de lo que en su día fue la Encomienda de Malagón a Ares Pardo, causó un gran malestar entre los vecinos, puesto que veían menguados los derechos históricos que habían conseguido durante el periodo de administración por parte de la Orden de Calatrava. Esta situación derivó en pleitos ante los tribunales, en los que los vecinos denunciaban los abusos del corregidor Pedro de Lara, nombrado a la sazón por el Señor de Malagón. La inestabilidad y los gastos originados por los procesos judiciales, obligaron a un diálogo entre las partes, con buena predisposición por parte de Ares Pardo. Estas cuestiones se resolvieron con un acuerdo, plasmado en el documento conocido como Escritura de Concordia, en el que los vecinos de las villas del Señorío (Malagón, Porzuna y Paracuellos del Jarama), elevan al Señor de Malagón 15 peticiones, leídas públicamente ante todos los vecinos, con la presencia de Ares Pardo y los alcaldes ordinarios, de modo que dieran conformidad a ellas. Ares Pardo admite las peticiones de los vecinos y promete además no volver a pleitear contra ellos, haciendo extensible esta obligación a sus herederos. Esta Escritura de Concordia se firmó el día 5 de mayo de 1552.
El Señorío de Malagón se incluyó en el Mayorazgo que fundó Antonio Ares Pardo en 1561, al frente del cual, tras su muerte, quedó su primogénito, Juan Pardo Tavera. Tras el fallecimiento de éste, sin descendencia, el Mayorazgo recae en Guiomar Pardo Tavera, hermana del último titular.
Felipe III eleva Malagón a rango de Marquesado, concediendo a Guiomar Pardo Tavera y a su esposo el título de Marqueses de Malagón en 1599, formando parte de este Marquesado Fernáncaballero y Paracuellos del Jarama. A pesar de haber contraído matrimonio en tres ocasiones, Guiomar Pardo Tavera muere sin descendencia, por lo que el Marquesado queda vacante, al extinguirse con ella la línea de los Pardo – Tavera. Tras pasar el Marquesado a Guiomar Pardo (tía de Guiomar Pardo Tavera) y a la línea de los Villalonso y los Castellar; a finales del siglo XVIII los dominios de la Casa de Malagón recaen en la de Santisteban del Puerto, pasando a la Casa de Medinaceli con la IX Marquesa de Malagón (Joaquina María de Benavides y Pacheco), casada con el XIII Duque de Medinaceli (Luis María Fernández de Córdoba).
En el siglo XVIII, la apertura del paso de Despeñaperros, como nuevo acceso a Andalucía, resta tráficos al Camino Real de la Plata, que pronto quedó reducido a un simple camino de arriería, por lo que Malagón perdió la importancia de siglos anteriores.
Ya en el siglo XIX, Malagón sufre las dificultades por las que atravesaba el mundo agrario de su entorno. Las Guerras Carlistas y la de la Independencia se dejan sentir en Malagón. En esta época la economía de la localidad se basa en el cereal, en la ganadería y en la caza.
La desamortizaciones del siglo XIX, hacen que desaparezca el convento de frailes franciscanos de la reforma de San Pedro de Alcántara que se funda en Malagón bajo el patronazgo de los Pardo – Tavera.
Durante todo el siglo XIX, Malagón no deja de luchar por las tierras de su término. Este periodo está marcado por un episodio sangriento, como es el asesinato en Malagón del Secretario de Estado de Hacienda D. Miguel Cayetano Soler, en marzo de 1808, tras ser detenido y reconocido como el promotor del impuesto sobre el vino.
La inauguración de la línea férrea directa Madrid-Ciudad Real en 1878, en la que Malagón figura como importante estación, supuso un impulso muy fuerte para la economía y el desarrollo del pueblo en el último cuarto del siglo XIX: Malagón pasó de tener unos tres mil habitantes en 1878 a cinco mil en 1900.
Con el ferrocarril llegaron las primeras industrias y una salida rápida y barata para los productos de la huerta de Malagón. Comienza a implantarse el regadío en la mayoría de las parcelas, aprovechando la abundancia de agua, dando como resultado frutas y hortalizas de gran calidad y fama. En esta época, por el esplendor de sus huertas, Malagón es conocido como “el Aranjuez de La Mancha”.
En 1906 el Marquesado de Malagón deja de tener posesiones territoriales, quedando como título nominal.
La inestabilidad política y económica de la II República pone fin al progreso económico iniciado años atrás. La Guerra Civil y la post-guerra agudizan la crisis económica, política y social de Malagón, en consonancia con el resto de España. En las décadas de 1950 y 1960 se produce una recuperación económica, con un aumento de la producción agrícola y la creación de nuevas industrias. Es en esta época cuando Malagón cuenta con su récord de habitantes: 11.208. La posterior emigración a zonas industriales de Madrid y Cataluña provocó una caída de la población, así como la paulatina mecanización de las tareas agrícolas.
En 1989 se cierra la línea Madrid-Ciudad Real para la construcción del AVE Madrid-Sevilla, con lo que Malagón pierde la parada de trenes.
La cercanía con Ciudad Real hace que a día de hoy Malagón sea un pueblo bien comunicado, con gran parte de su población dedicada al sector servicios, contando con importantes industrias agroalimentarias, que se dedican a la elaboración de conservas, dulces y mazapanes. También cuenta con diversas industrias dedicadas a la elaboración de vinos y aceite de oliva virgen, destacando la Cooperativa Stmo. Cristo del Espíritu Santo, que englobada en el Grupo Cooperativo Montes Norte, ha hecho posible en los últimos años que Malagón cuente con la mayor almazara de toda Castilla-La Mancha. Destacan también las industrias queseras, dedicadas a la fabricación y venta de queso manchego en sus diferentes presentaciones y otras variedades, como queso de cabra.
