Se encuentra en la aldea del mismo nombre y está dedicada a la advocación de El Cristo del Espíritu Santo, Patrón de Malagón. El conjunto está formado por un patio cerrado, una iglesia con sacristía aneja y varias dependencias, que datan del siglo XVII.
Destaca en el interior de la ermita un cuadro del Ecce Homo, de escuela toledana del siglo XVII. En él aparecen, en actitud orante, los I Señores de Malagón, Don Antonio Ares Pardo Saavedra y Doña Luisa de la Cerda y Silva. Este es el único retrato existente de ellos.
La entrada se realiza por un tosco porche. La ermita consta de una sola nave, cerrada con bóveda rebajada, sobre lunetos, rematándose sobre el presbiterio con una cúpula sobre pechinas, que se adornan con lienzos pintados a óleo y que representan a Santa Teresa de Jesús, a Santa María Magdalena, San Pantaléon y San Francisco de Asís.
El ábside está presidido por la imagen del Cristo del Espíritu Santo, obra del madrileño Faustino Sanz Herránz (década de los 60), que sustituye la primitiva imagen destruida durante la Guerra Civil. Esta imagen está albergada en un retablo barroco, del que destacan sus pinturas.
En el patio de la ermita se encuentra un ara votiva dedicada a Marte, de época romana y una columna de la misma época.
Cerca de la ermita se encuentra el lugar conocido como La Cruz de El Cristo, enclave con mucha historia, ya que en él, además de encontrarse la imagen primitiva del Cristo, que según la tradición fue enterrada por los visigodos ante el avance de las tropas árabes, se descubrió en la década de los noventa, una necrópolis visigoda, con numerosos enterramientos, en la que aparecieron sarcófagos de piedra y multitud de objetos de la vida cotidiana, que se acompañaban al enterramiento, como ofrenda al difunto. Actualmente todo este material excavado se conserva en el Museo Provincial de Ciudad Real. El lugar está señalado con una cruz, cubierta por un templete, cuyo basamento es un capitel (cimacio) procedente de una antigua basílica visigoda.